由于史料中关于红寺堡的记载十分缺乏，红寺堡的历史一直不被人们熟知，为了打通红寺堡的历史文脉，寻找到红寺堡的历史渊源，2009年3月3日，红寺堡开发区工委宣传部邀请宁夏历史、考古、文化诸方面专家学者二十余人，召开了红寺堡开发区历史文化研座谈会，对红寺堡开发区的历史文化进行了专题研究，取得了一些突破性的重大成就，形成了一些重要的研究成果。对于“红寺堡”命名及由来，形成了一些观点。

宁夏大学历史系教授白述礼先生通过对相关资料的考证，初步认为：红寺堡命名源于“红寺”，可能是在明代建设“红寺堡”的时候，选址“红富寺”的旁边，依照“红富寺”的名字把新建的堡子命名为“红寺堡”。红寺堡开发区文广中心常刚同志在实地走访红寺堡当地原住居民，并查阅相关文献后推测“红寺堡”一名的由来是和它旁边的寺院有关。早在宋元时期，红寺堡古城周围就有七十二座寺庙，“红富寺”是其中之一。寺内有佛殿、三清殿、玉皇阁、天王殿、菩萨殿、药王殿、文宫、三官、山神土地、龙王等庙寺，有戏楼、花园等建筑物，香烟袅袅，人来人往，熙熙攘攘。红富寺在“文化大革命”中被损毁，近年来重新建设，改名为“弘佛寺”，据现存文献记载，红富寺确切位置就在红寺堡古城的旁边。在考证红寺堡古城遗址的时候，工作人员在遗址东侧发现几个大型建筑土台，在其中一个土台的下面出土了两个泥塑的佛头；在古城西北方向的一个小山包上还发现了一处土窑洞，窑洞的墙上仍残留部分彩绘，当地老农说这是药王洞，据说以前这里有很多座庙宇，香火很盛，来往的人很多。

关于红寺堡的建堡历史，目前有以下说法。

西夏说。宁夏文物考古所的牛达生研究员认为，根据红寺堡的考古新发现，红寺堡古城的历史应该更为久远。在红寺堡北部的水泉村发现了汉墓、红寺堡南部青山堡子发现了西夏墓葬、红寺堡镇西北部的一个工地上出土了一批西夏前期的钱币，这批钱币重约几百斤，其中有汉代的“半两”“五铢”，唐代的“开元通宝”“乾元重宝”，五代后周的“周元通宝”，十国前蜀的“天汉元宝”“乾德元宝”“咸康元宝”等。数量最多的是北宋钱，还有数枚珍贵的西夏文“大安宝钱”。2009年部分专家学者在对红寺堡古城遗址考察时发现一些带有黑釉、褐釉、白釉的碗、盘残片，经鉴定，属于西夏瓷，因此，他认为：“这表明最晚在汉代，红寺堡地区就有村落，人们就在这里繁衍生息，进行生产活动。”根据红寺堡古城附近发现西夏钱币窖藏和西夏瓷片的信息，他进一步推断：“红寺堡古城极有可能在西夏时期就已存在，明代只是在荒废和破烂的旧城基础上重建了红寺堡。”

明朝说。白述礼教授在《嘉靖宁夏新志》中发现有这样一条重要资料，即宁夏镇人张嘉谟所撰《帅府题名碑》中关于李祥将军的一条记载：“我朝受命是方者·····能有所建垂，此又不可以寻常论矣。如勇敢而成功红寺者，李祥。”这是一段红寺堡城建成前两年发生的战事，具体为弘治十八年（1505年）二月，指挥使仇钺在红寺堡附近成功切断套部小王子劫掠固原归路，击败小王子。又据《朔方道志·镇戎县》中的一段记载：“附旧志所载圮废公所：红寺、韦州等各有仓，今皆废。”这些记载说明：在正德二年（1507年）创筑第一座红寺堡古城以前的弘治年间，已经存在“红寺”的相关文字记载。红寺堡是“正德二年（1507年），总制、右都御史杨一清奏委指挥郑廉筑之”。杨一清是红寺堡古城堡的创建者，是他上奏正德皇帝，请求建筑了红寺堡古城。杨一清创建的古城遗址，位于今天红寺堡开发区西南新庄集乡南的旧寺堡子村，所以红寺堡古城距今已有500多年的历史了。

2009年3月27日，白述礼、杨森翔、孙生玉、鲁人勇等专家在罗山西侧、徐冰水东北方向的旧寺堡子村考察后，一致认为：位于红寺堡开发区东南、徐冰水东北、罗山西侧脚下的旧寺堡子村的古城遗址，与文献记载和明代皇明九边考图的标记完全一致。因此，这座古城遗址应该就是正德二年（1507年）杨一清、郑廉创筑的红寺堡屯军古城。这座古城于嘉靖十六年（1537年）废弃。新红寺堡建于嘉靖十六年（1537年），到嘉靖四十年（1561年）大地震，总共存在了24年。

相信，随着文史研究的不断深入，红寺堡的过往将会不断被揭示。红寺堡，这个曾经繁荣的地方，一定将会在未来的日子里创造无愧于时代的骄人业绩。